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电影开场画面是已经变得残破的纽约市,蜘蛛侠正被一种人形雷电追逐,此人就是杰米·福克斯版本的电光人,他追到的蜘蛛侠,然后蜘蛛侠摘下了他的面具,我们看到,他实际上就是托比·马奎尔,电光人攻击蜘蛛侠之时,他们周围的空间突然被撕碎。可以判断,这是一个多元宇宙,托比版蜘蛛侠和电光人都在这里,有点不可思议。
彼得带着梅姨以及好友内德和MJ来到纽约圣殿,他们遇到了王法师,奇异博士正在忙于分析现实世界中的几处空间裂缝,这些裂缝是因为旺达所开启的,并且数量在不断增加。彼得很天真,他想要奇异博士使用一个咒语来扭转自己身份被泄露的事实。奇异博士为梅姨提供了庇护所,并告诉彼得应该像其他人一样在法庭上解决他的问题。
在城市的另一个地方,空间破裂,出现了一个造型完全不同的电光人。
曾经的复仇者大厦现在属于诺曼·奥斯本的奥氏集团,他们正在进行着几个项目,包括宇宙魔方碎片以及皮姆粒子的研究,角色修补匠菲尼亚斯·梅森是项目的主要负责人。
蝎子被秃鹫带到了他的修理厂,他们是在监狱结识的,秃鹫为蝎子提供了帮助,为他打造了一件外骨骼装备,章鱼博士也在随后出现。
此时,诺曼·奥斯本已经完成了量子隧道,他连接了其他宇宙,结果另一个诺曼·奥斯本很快就进来了,并杀死取代了他。威廉·达福版奥斯本享受着这完美的一切,他要征服这个世界。
结尾的一个场景中,诺曼·奥斯本的尸体被蜥蜴人康纳斯博士复活了。