故事发生在小智从阿罗拉回到真新镇的半年后，不喜欢剧情和CP的请勿喷哦！
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再度从阿罗拉地区回到真新镇的小智第二天收到了来自父亲的一封书信。“亲爱的小智，当你收到这封书信时我已经在回真新镇的路上了。花子曾寄信告诉我你赢得了阿罗拉联盟的冠军，对此我非常高兴。不过这离成为宝可梦大师还是很远的，为此你要继续加油...”
看完书信后小智激动地不得了，心想好久没见到爸爸了，也不知道他这次放假能在家里待几天，有很多的话想跟他说呢。“皮卡丘，等爸爸到家之后我们和他进行宝可梦对战吧，这次他可是带宝可梦回家的呢。”“皮卡皮卡”
小智的父亲在与花子结婚前拿过7个宝可梦联盟的冠军，即关都联盟、城都联盟、丰缘联盟、神奥联盟、合众联盟、卡洛斯联盟、卡纳联盟。此外，他还差点成为了关都地区的四天王。所以，他是个实力非常强大的训练家。
在成为7个宝可梦联盟的冠军之后他去挑战了宝可梦大师马斯特，结果自然是输掉了。这次挑战之后他向青梅竹马的女朋友花子求婚，一个月后两人举办了盛大的婚礼。婚后大概一年花子怀孕了，约莫9个月后生下了孩子。
夫妻二人一直经营餐厅来维持生活，但是小智的父亲内心总觉得自己不应该这样，却又不知道做什么。在小智3岁那年他意外帮助一名国际警察捣毁一个犯罪组织，于是深思熟虑后决定成为一名国际警察，为人类和宝可梦的安定生活而尽自己的一份力。
作为一名国际警察，平时要接受很多严苛的训练，而且在任务当中也会经常遇到危险。此外，假期又少又短，每一次与家人朋友相聚的时间也许就只有几天。不过小智的父亲已经下定决定，只要全家人同意就会立刻去参加考核。
年幼的小智知道自己的父亲想要当警察后非常高兴，因为在他的心中警察是英雄。如果自己的父亲是警察的话，他会相当自豪的。花子清楚自己的丈夫不甘心拘在一个小地方过着平淡的生活，虽然一个人照顾孩子和公婆会很辛苦，但她还是会支持他的。
小智的祖父祖母认为好男人志在四方，所以赞成小智的父亲去当国际警察。在得到全家的赞同后小智的父亲通过自己的努力成为了一名国际警察，背井离乡去实现自己的抱负。在国际警察局里他凭借自己的实力与性格很快就能单独做任务，并且拥有了自己的代号。
本来和自己父亲见面的机会就不多，再加上刚结束一场宝可梦联盟回到真新镇后不久又去新的地区旅行，小智在成为宝可梦训练家之后基本没有见过自己的父亲。在结束神奥地区与卡洛斯地区的旅行后他在家里的时间比较长，和自己的父亲见过两面。
原本小智想与自己的父亲进行宝可梦对战的，偏偏这两次回家父亲都没有带宝可梦，让自己的愿望落了空。好在父亲在书信里提到会带宝可梦回来，不然自己以为这次还是不能和他进行宝可梦对战呢。
小智收到书信的第三天他的父亲终于到达了真新镇。花子推开门看到自己丈夫的那一刻，眼眶不禁湿润了。“阿果，欢迎回家。”阿果拍了拍身上的尘土，然后轻轻抱住花子，低声说她辛苦了。
听到花子开门小智立刻带着皮卡丘飞奔到了门口。“爸爸！”阿果看到小智与皮卡丘后松开花子，接着摸摸小智的头说他看起来好像长高了一些。小智问阿果什么时候进行宝可梦对战，自己已经迫不及待了。
“小智，爸爸才刚到家，你先让他好好休息，对战的事情不急于一时的。”小智挠挠头，果然一想到宝可梦对战自己就容易忽视别的事情了。阿果说小智这点非常像年轻时的自己，他们真不愧是父子。
午饭时全家坐在一起聊天。“真没想到阿罗拉地区也有宝可梦联盟了。可惜出现得太迟，不然我肯定会成为8个宝可梦联盟的冠军的。”听完小智讲完阿罗拉联盟的始末后阿果不禁感叹了一句。
午饭后阿果和小智去研究所请大木当他们的裁判。“双方可使用的宝可梦各为一只，当其中一只宝可梦失去战斗能力时对战结束。那么，阿果、小智，请派出你们的宝可梦吧。”小智派出的自然是皮卡丘，而阿果派出的是尖牙笼。
“皮卡丘，电光一闪！”皮卡丘快速地扑向尖牙笼，准备给他猛烈的撞击。当皮卡丘要攻击到时阿果让尖牙笼跳起来用绑紧，使皮卡丘不能够行动。小智让皮卡丘用十万伏特，使尖牙笼感到疼痛而放开皮卡丘。
阿果立刻让尖牙笼使用藤鞭边缠住皮卡丘的脚便对他进行攻击。“皮卡丘，快用打雷去攻击尖牙笼！”阿果算到小智会用类似的方式让皮卡丘摆脱束缚，于是让尖牙笼快速地收回藤蔓并避开打雷的攻击，然后使用青草搅拌器。
受到青草搅拌器的攻击后皮卡丘跌倒在地，不过很快又站了起来。“皮卡丘，用电网！”阿果让尖牙笼使用青草搅拌器去迎击，不仅割碎了电网，还给皮卡丘带来了伤害。怀着乘胜追击的想法，他又让尖牙笼对皮卡丘用强力鞭打。
“皮卡丘，用铁尾！”虽然铁尾拖延了一小会儿，但皮卡丘还是受到了强力鞭打的攻击。小智看到皮卡丘体力快不支了，想着用Z招式来定胜负，于是开始念念有词、手舞足蹈，让皮卡丘用究极无敌大冲撞。
见小智使用Z招式，阿果也立刻拿出了自己的Z手环。“尖牙笼，绚烂缤纷花怒放！”两股强大的Z招式碰撞在一起，使得场地升起了浓浓的黑烟。当黑烟消散后只见皮卡丘倒地不起，因此大木宣布此次对战的胜利者是阿果。
“爸爸，虽然我输了，但能与你对战我真的很开心。我会继续努力，等下一次对战一定会打赢你的。”
